Développement sur le système d'information PHIS

En tant qu'ingénieur d'étude en informatique au sein de MISTEA, j'ai eu l'opportunité de travailler sur un projet stimulant entre juin 2017 et avril 2018, situé sur le campus de la Gaillarde. L'enjeu principal de cette mission était l'intégration d'un gestionnaire de workflow pour optimiser les pipelines de traitement de données dans le système d'information PHIS. Ce projet revêtait une importance particulière, car il visait également à aboutir à la rédaction d'un article scientifique qui contribuerait à la visibilité et à la crédibilité de PHIS au sein de la communauté scientifique. J'ai eu le privilège de collaborer avec l'équipe de développement de PHIS et l'équipe de gestion de la plateforme de phénotypage haut débit du LEPSE, ce qui a enrichi mon expérience professionnelle.

Tâches & Objectifs

Au cours de cette mission, j'ai endossé plusieurs rôles, chacun apportant son lot de défis et d'apprentissages. Mes responsabilités incluaient la gestion des tickets et la maintenance évolutive du système d'information PHIS. J'ai également effectué une analyse approfondie des différents gestionnaires de workflow disponibles, afin de comparer leurs fonctionnalités et d'identifier celui qui s'intégrerait le mieux dans PHIS. L'un de mes objectifs principaux était d'intégrer ce gestionnaire et de développer les fonctionnalités manquantes nécessaires à la rédaction de notre article. Les critères de succès étaient clairs : non seulement nous devions publier l'article, mais également faire un choix éclairé pour le gestionnaire de workflow qui répondrait aux besoins scientifiques du projet.

Actions et Développement

Pour atteindre ces objectifs, j'ai mis en œuvre une série d'actions concrètes. J'ai d'abord résolu des bugs et géré les tickets entrants, ce qui m'a permis de me familiariser avec le système existant. Par la suite, j'ai analysé quatre logiciels de gestion de workflow — Galaxy, Knime, Taverna et gUse — et j'ai présenté mes conclusions lors d'un webinaire à l'intention de mes collègues. Le prototype d'intégration de Galaxy dans PHIS a été une étape cruciale, illustrant mes efforts pour apporter des solutions concrètes. Cette collaboration avec l'équipe du LEPSE, notamment le directeur de la plateforme, m'a permis de comprendre les enjeux sur le terrain et de résoudre les problèmes du système d'information de manière efficace.

Résultats

Les résultats de mes actions ont été très satisfaisants. J'ai eu l'occasion de présenter un webinaire sur les gestionnaires de workflow lors d'une réunion des CATI (Centre Automatisé de Traitement de l'Information) de l'INRAE, ce qui a permis de partager nos avancées et d'échanger des idées avec d'autres professionnels du domaine. La publication de notre article dans la revue New Phytologist Foundation a également marqué un jalon important dans notre travail, comme en témoigne le lien suivant : article ici. À long terme, le système PHIS a continué d'évoluer, se transformant en OpenSIlex, une initiative qui témoigne de la durabilité et de l'impact de nos efforts.

Au-delà des résultats tangibles, cette expérience m'a offert des enseignements précieux. J'ai acquis une compréhension approfondie des workflows, notamment sur l'importance d'un vocabulaire clair pour structurer les différentes étapes du traitement des données. J'ai également réalisé que la granularité dans la conception des workflows peut influencer la complexité du système. En effet, un choix judicieux concernant le niveau de détail des composants peut simplifier ou compliquer les opérations. Ainsi, plutôt que d'intégrer directement les workflows Galaxy dans PHIS, il serait plus judicieux d'utiliser des wrappers pour gérer les entrées et sorties de manière efficace.

Stack technique

Enfin, j'ai développé des compétences techniques en travaillant avec diverses technologies telles que PHP, HTML/JavaScript, R, Python, et plusieurs systèmes de bases de données comme MongoDB et PostgreSQL. Le cadre technique de PHIS reposait sur le framework Yii2, et les défis liés à un code hérité parfois complexe ont enrichi ma capacité à résoudre des problèmes. Par exemple, j'ai dû gérer une fonction de 600 lignes comportant de multiples niveaux de conditions et des boucles imbriquées, ce qui a été un véritable défi intellectuel.

Cette expérience chez MISTEA m'a non seulement permis d'appliquer mes compétences techniques, mais m'a également enseigné l'importance de la collaboration et de la communication dans la réussite d'un projet scientifique.